慶元地形屬浙西南中山區，有溪谷、盆地、丘陵、低山、中山等多種地貌。地勢呈東北向南傾斜。東、北部為洞宮山脈所踞，多崇山峻嶺，多深谷陡坡，海拔1500米以上山峰就有23座，主峰百山祖海拔1856.7米，為浙江省第二高峰，百山祖北麓齋郎村海拔1210米，是全縣最高居民點，山間盆（谷）地相對高度海拔600米～800米。西南部和中部是仙霞嶺—楓嶺余脈，地勢較東、北部平緩，谷地較寬，山間盆（谷）地相對高度海拔330～600米，新窯村海拔240米，是全縣最低點。