從出土的石錛、石鐲表明：早在新石器時代就有人類在慶元境內繁衍生息。夏、商、西周（約公元前21世紀～公元前771年）慶元境域為越地（古代民族越族聚居地）。春秋（前770～前476）為吳、越東平鄉。戰國（前475～前221）后期（約前306）楚滅越，屬楚國。秦（前221～前206）屬閩中郡（郡治在今福州市）。

    西漢（公元前206～公元22）惠帝三年（前192）立東甌國（治所在今年內溫州市），為東甌國土。始元二年（前85）以東甌地置回浦縣（治所在今臺州市椒江區章安鎮，轄今臺、溫、麗三市區域），屬揚州刺史部會稽郡（郡治在今江蘇蘇州市）。東漢（23～220）建武初（公元25年）省回浦入鄞縣（屬今寧波市）。章和元年（87）析回浦故地置章安縣（治今臺州椒江章安鎮），屬揚州刺史部會稽郡（治今紹興市）。建安四年（199）分章安置松陽縣，屬揚州會稽郡；建安二十三年（218）分太末縣南部置遂昌縣，屬揚州會稽郡。自三國～兩晉～南北朝（220～581）歷隋（581～618）至唐朝乾元二年，500多年間，松陽縣先后隸屬揚州臨海郡、永嘉郡、處（括）州、江南道（或江南東道）括州；遂昌縣先后隸屬揚州東陽、括州、江南道（或江南東道）括州。

    唐（618～907）乾元二年（759）析遂昌縣、松陽縣置龍泉縣，慶元境域屬浙江東道括州龍泉縣，稱松源鄉。五代十國（907～760）后晉天福二年（937）閩國奪取吳越國龍泉縣松源鄉之半（今福建省松溪縣溪東、渭田、舊縣、河東、茶平、不含錢園橋行政村的松源鎮及政和縣的鐵山鄉錦屏行政村）建松源鎮（治今松源縣舊縣村），屬閩國。另半（今屏都、淤上、隆宮、安南、松源、四山、百山祖、合湖、賢良、五大堡、張村、舉水、龍溪等鄉鎮）仍屬吳越國處州龍泉縣。北宋（960～1127）屬兩浙路（或兩浙東路）處州龍泉縣。

    南宋（1127～1279）寧宗慶元三年（1197）析龍泉縣松源鄉益以延慶鄉之半（今龍泉市小梅、查田、茶豐、青溪、四源及慶元縣三濟、黃真、黃田等地）置縣，以寧宗年號“慶元”稱名——為慶元縣建制之始——屬兩浙東路處州。縣治濛洲（今慶元縣城松源鎮）。

    元（1271～1368）初慶元縣屬江淮行省（1284年改屬浙江行省）處州路（1359年改為安南府，旋改處州府）。明（1368～1644）洪武三年（1370）撤慶元縣置慶元巡檢司，治查田（今屬龍泉市）。洪武十三年復置慶元縣，屬浙江布政使司處州府。景泰三年（1452）青田縣鳴鶴鄉升天里一部分地域（今江根、竹坪、官塘、左溪、青竹、蘇湖、嶺頭、南峰等鄉村）劃給慶元縣，“延慶鄉之半”地域中的小梅、查田、茶豐、青溪等地劃歸龍泉縣。清（1644～1911）屬浙江省處州府（辛亥革命時改為浙江軍政府處州軍政分府）。清嘉慶（1796～1820）年間，慶元縣屬的金村、下洋劃歸龍泉縣。

    民國（1912～1948）元年慶元縣直屬浙江省都督府。民國3年（1914）屬浙江省長公署甌海道（道尹駐今溫州市）。16年（1927）廢道，直屬浙江省政府。21年（1932）6月屬浙江省第十二縣政督察區（同年10月改稱第三臨時特區，署址龍泉）。24年（1935）6月改屬麗水行政督察區（25年4月改稱第九行政督察區。37年4月改稱第六行政督察區，署址麗水。同年7月改稱第七行政督察區，署址云和縣）。

    1949年5月17日慶元和平解放，7月5日慶元縣人民政府成立（縣府駐地松源鎮），屬浙江省第七專區（同年10月改稱麗水專區）。1952年1月～1963年4月撤銷麗水專區，改屬溫州專區。1954年3月原屬景寧縣的吳坑鄉劃給慶元縣（今屬張村鄉）。1957年5月原屬龍泉縣的龍巖村劃給慶元縣（今屬百山祖）。1958年3月隆宮鄉的張天村劃給福建政和縣。1958年11月慶元縣并入龍泉縣。1973年7月17日國務院批準恢復慶元縣建制。1975年3月原屬慶元縣的四源鄉劃歸龍泉縣。1975年8月18日慶元縣革命委員會掛牌辦公（1981年7月縣革命委員會改稱縣人民政府），屬麗水地區。2000年撤銷麗水地區，設立地級麗水市，慶元縣屬麗水市。